Bioinformatics; Learn Docking & Mol Dynamics Simulation

Tin Sinh học; Học Mô phỏng Docking & Động lực học Phân tử

Khóa học Tin Sinh học Tốt nhất để Học Các Kỹ thuật Tin Sinh học Nâng cao như Docking & Mô phỏng Động lực học Phân tử

4.8

(1,293 đánh giá)

6,816 học viên

Giảng viên

Naeem Mahmood Ashraf

Phụ đề Việt chất lượng cao Phụ đề tiếng Anh Bán chạy Đánh giá cao

50.000đ 1.539.000đ -97%

✓ Xem giỏ hàng và thanh toán

Bao gồm phụ đề tiếng Việt, tiếng Anh

8.0 giờ video

115 bài giảng

5 bài quiz

Truy cập vĩnh viễn

Học trên mọi thiết bị

Cập nhật: 29/05/2026

#Bioinformatics #Computational Biology #Drug Discovery #Molecular Dynamics

Bạn sẽ học được gì

Bạn sẽ học kiến thức cơ bản về Tin Sinh học Cấu trúc, bao gồm Dự đoán Cấu trúc Protein

Bạn sẽ học Lý thuyết Cơ bản về Mô phỏng Động lực học Phân tử và Docking

Bạn sẽ được Giới thiệu Cơ bản về Hệ điều hành Linux và Các lệnh của nó

Bạn sẽ được Hướng dẫn Thực hành Mô phỏng Động lực học Phân tử Protein trong GROMACS

Bạn sẽ học Cách Phân tích Quỹ đạo MD, bao gồm RMSD, RMSF, Bán kính Quán tính, Diện tích Bề mặt Tiếp cận Dung môi, Tổng số Liên kết Hydro, v.v.

Bạn sẽ được Hướng dẫn Thực hành sử dụng AutoDock, Vina, CB-Dock và PatchDock để Docking Phối tử - Protein

Bạn sẽ được Hướng dẫn Thực hành Mô phỏng MD cho Phức hợp Phối tử-Protein trong GROMACS

Bạn sẽ học về Sàng lọc Ảo Thuốc (Lý thuyết và Thực hành)

Yêu cầu

Trong giảng dạy trực tuyến, việc thu hút học viên luôn là thách thức. Vì vậy, chúng tôi đã thiết kế khóa học này dựa trên tâm lý của người học. Thông thường, học viên mất hứng thú khi gặp phải một khái niệm phức tạp. Đó là lý do chúng tôi cố gắng chuyển từ đơn giản đến phức tạp một cách dễ dàng và...

Bạn cần quen thuộc với những kiến thức rất cơ bản về cấu trúc protein. Như vậy là đủ để bạn bắt đầu khóa học này. Chúng tôi đã cố gắng hết sức để bắt đầu từ con số 0 trong mỗi module, với giả định rằng học viên chưa biết gì.

Mặc dù không bắt buộc, nhưng chúng tôi khuyến khích bạn tham gia khóa học "Học Tin Sinh học Từ Đầu (Lý thuyết & Thực hành)" trên udemy của chúng tôi. Khóa học đó cũng có thể giúp bạn nắm bắt các khái niệm tốt hơn.

Đối tượng phù hợp

Khóa học này dành cho những ai quan tâm đến khám phá thuốc.

Khóa học này cũng phù hợp cho những ai muốn trở thành kỹ sư protein và quan tâm đến thiết kế protein de novo.

Nội dung khóa học

9 phần • 115 bài giảng

1 Lời Nhắn Quan Trọng Từ Giảng Viên

1 Protein là gì?

2 Kỹ thuật Thực nghiệm để Xác định Cấu trúc 3D của Protein

3 Thực hành-1: Cách Tải Cấu trúc Protein Từ Protein Databank

4 Thực hành-2: Hiển thị Cấu trúc 3D Protein Bằng Pymol

5 Sửa chữa Các Residue Thiếu trong Cấu trúc 3D Protein Đã Tải

6 Thực hành-3: Khắc phục Vấn đề Residue Thiếu Với Modeller

7 Giới thiệu về Dự đoán Cấu trúc 3D Protein

8 Thực hành-4: Cách Dự đoán Cấu trúc 3D Sử dụng Modeller (Đồng đẳng)

9 Thực hành-5: Cách Sử dụng I-TASSER để Dự đoán Cấu trúc 3D?

10 Thực hành-6: Giới thiệu về Cơ sở dữ liệu Alpha-Fold và Alpha-Fold Colab

11 Thực hành-6.1: Alpha-Fold3 Phiên bản Cập nhật của Alpha-Fold2

1 Giới thiệu Cơ bản về Mô phỏng Động lực học Phân tử và Các bước Thực hiện

2 Lý thuyết Cơ bản về Mô phỏng Động lực học Phân tử (Phần-1)

3 Lý thuyết Cơ bản về Mô phỏng Động lực học Phân tử (Phần-2)

4 Lý thuyết Cơ bản về Mô phỏng Động lực học Phân tử (Phần-3)

5 Lý thuyết Cơ bản về Mô phỏng Động lực học Phân tử (Phần-4)

6 Chu trình MD (Mô phỏng Động lực học Phân tử)

7 Các Bước Cơ bản của Mô phỏng Động lực học Phân tử

8 Chuẩn bị Cấu trúc Protein cho Mô phỏng Động lực học Phân tử

9 Chuẩn bị Tệp Topology cho Mô phỏng Động lực học Phân tử

10 Hòa tan và Ion hóa Hệ thống

11 Tối thiểu hóa Năng lượng (EM) của Hệ thống

12 Giai đoạn Cân bằng và Sản xuất của Mô phỏng Động lực học Phân tử

1 Các Loại Hệ điều hành Cơ bản Có trên Thị trường

2 Đặc điểm của Hệ điều hành Linux

3 Terminal của Hệ điều hành Linux

4 Một số Lệnh Cơ bản cho Hệ điều hành Linux

5 Tiếp theo là gì?

1 Thực hành-7 Cài đặt Linux trong Môi trường Windows

2 Thực hành-8: Cài đặt GROMACS (Video Cập nhật)

3 Các Module của GROMACS Được Dùng trong Hướng dẫn MD

4 Quy trình Làm việc của MD trong GROMACS

5 Thực hành-9 Tạo Thư mục trong Ubuntu Cho Mô phỏng MD

6 Các Lệnh để Chạy Mô phỏng MD (Dành cho Bạn)

7 Thực hành-10 Làm sạch Cấu trúc Protein Cho Mô phỏng MD

8 Thực hành-11 Tạo Tệp Topology Trong GROMACS

9 Thực hành-12 Bước Hòa tan trong Mô phỏng MD

10 Thực hành-13 Bước Ion hóa trong Mô phỏng MD

11 Thực hành-14 Tối thiểu hóa Năng lượng (EM) trong GROMACS

12 Thực hành-15 Giai đoạn Cân bằng-I (Phần-A)

13 Thực hành-16 Giai đoạn Cân bằng-I (Phần-B)

14 Thực hành-17 Giai đoạn Cân bằng-II (Phần-A)

15 Thực hành-18 Giai đoạn Cân bằng-II (Phần-B)

16 Hiểu Tệp md.mdp Trước Giai đoạn Cuối

17 Thực hành-19 Chạy Mô phỏng Động lực học Phân tử Giai đoạn Cuối

18 Lý thuyết Cơ bản về Phân tích Dữ liệu Mô phỏng MD

19 Các Lệnh để Phân tích Dữ liệu Mô phỏng MD

20 Đưa Protein vào Trung tâm Trước Khi Phân tích Dữ liệu

21 Thực hành-20 Tính toán RMSD

22 Thực hành-21 Tính toán RMSF

23 Thực hành-22 Tính toán Bán kính Quán tính (Rg)

24 Thực hành-23 Tính toán Tổng số Liên kết Hydro (Hb)

25 Thực hành-24 Tính toán Diện tích Bề mặt Tiếp cận Dung môi (SASA)

26 Thực hành-25 Mở Tệp XVG trong Excel

27 Thực hành-25.1: Hiển thị Quỹ đạo MD trong Pymol

28 GROmancer; Công cụ Hiển thị MD Trực quan

1 Giới thiệu về Docking-Phần-1

2 Giới thiệu về Docking-Phần-2

3 Thuật toán Lấy mẫu-Phần-1

4 Thuật toán Lấy mẫu-Phần-2

5 Thuật toán Lấy mẫu-Phần-3

6 Thuật toán Lấy mẫu-Phần-4

7 Thuật toán Điểm số

8 Các Loại Docking

9 Các Bước Cơ bản trong Quy trình Docking

10 Lý thuyết về Các bước Docking-Phần-1

11 Lý thuyết về Các bước Docking-Phần-2

12 Thực hành-26 Cài đặt MGL Tools, Vina, AutoDock4 & Autogrid

13 Thực hành-27: Cài đặt Công cụ Vẽ Phối tử

14 Thực hành-28 Tải và Chuẩn bị Cấu trúc 3D Protein cho Docking

15 Vấn đề Với Việc Chuẩn bị Cấu trúc Protein trong MGL Tools

16 Thực hành-29 Tải Cấu trúc 3D Phối tử từ Cơ sở dữ liệu ZINC

17 Thực hành-30 Vẽ Cấu trúc Phối tử trong ChemSketch

18 Thực hành-31 Chuẩn bị Phân tử Phối tử cho Docking

19 Thực hành-32 Dự đoán Vị trí Hoạt động của Protein

20 Thực hành-33 Thiết lập Lưới

21 Bước Rất Quan trọng; Hãy Cẩn thận Ở Đây

22 Thực hành-34 (Phần-A) Thực hiện Docking với Vina

23 Thực hành-34 (Phần-B) Hiển thị Dữ liệu Docking Vina

24 Thực hành-35 (Phần-A) Thực hiện Docking Sử dụng AutoDock4

25 Thực hành-35 (Phần-B) Hiển thị Kết quả Docking AutoDock4

26 Thực hành-33 Thực hiện Docking với CB Dock

27 Thực hành-34 Phân tích Dữ liệu Docking

28 Thực hành-34(A) Thực hiện Docking AutoDock Vina Sử dụng SwissDock

29 Thực hành-35: PatchDock; Chương trình Docking Bổ sung Hình dạng

1 Nhược điểm Lớn nhất của Quy trình Docking Thông thường

2 Sự Khác biệt Giữa Mô phỏng MD Đơn giản và Mô phỏng MD Protein-Phối tử

3 Các Bước Cơ bản của Mô phỏng MD Protein-Phối tử

4 Thực hành-36: Bước Đầu tiên Rất Quan trọng; Chuẩn bị Protein và Phối tử

5 Thực hành-37: Các Tệp Cần thiết Cho Mô phỏng MD

6 Các Lệnh để Chạy Mô phỏng MD Phối tử-Protein

7 Thực hành-38: Chuẩn bị Tệp Topology Protein

8 Thực hành-39: Chuẩn bị Tệp Topology Phối tử

9 Thực hành-40: Tạo Phức hợp

10 Thực hành-41: Hòa tan, Ion hóa & Tối thiểu hóa Năng lượng của Phức hợp

11 Thực hành-42: Hạn chế Phối tử

12 Thực hành-43: Bộ điều nhiệt

13 Thực hành-44: Cân bằng

14 Thực hành-44: Giai đoạn Sản xuất

15 Thực hành-44: Phân tích

1 Tầm quan trọng của Sàng lọc Ảo

2 Giới thiệu về Sàng lọc Ảo

3 Các Bước Cơ bản của Sàng lọc Ảo

4 Các Lệnh Cần thiết để Chạy Sàng lọc Ảo

5 Thực hành-46: Cài đặt Open Babel và Auto-Dock Vina Trong Linux (Ubuntu)

6 Thực hành-47: Chuẩn bị Thụ thể Protein cho Sàng lọc Ảo

7 Thực hành-48: Tải Hàng nghìn Phối tử Chỉ với Một Cú Nhấp chuột

8 Thực hành-49: Chuẩn bị Phối tử cho Docking

9 Thực hành-50: Thiết lập Lưới và Viết Tệp Cấu hình

10 Thực hành-51: Docking Phối tử với Thụ thể trong Vina

11 Thực hành-52: Phân tích

1 Cập nhật Protein Databank

2 Làm thế nào để Tạo Hình ảnh Chất lượng Xuất bản Tốt trong Pymol?

3 Phân tích Dữ liệu Docking Sử dụng LigPlot+

Giới thiệu khóa học

Currently, there is high use of bioinformatics tools in biological studies. This Advance Bioinformatics course includes theory and practical aspects of molecular docking and molecular dynamics simulation for you. In this course, we have tried to explain the theory and practical steps which are required to perform the above-mentioned bioinformatics techniques. We strongly believe that after having this course, you will be well versed in ligand-protein docking and molecular dynamics simulations.

This course is designed to keep the need of biologists in view. We tried to explain every step in a simple and elegant way. Like our previous course, "Learn Bioinformatics From Scratch (Theory & Practical)" in this course, we took start from scratch. So, if you are new in this field then it will be easy for you to move with the flow. There is a total of seven modules with 104 lectures. In this course, you will learn

(1) Protein Structural Bioinformatics

(2) Theory of Molecular Dynamics Simulation

(3) Introduction of Linux Environment

(4) Practical Demonstration of Protein Molecular Dynamics Simulation

(5) Ligand-Protein Docking (Theory & Practical)

(6) Practical Demonstration of Ligand-Protein Complex Molecular Dynamics Simulation

(7) Virtual Screening of Ligands with Protein Using Vina

This course is a unique blend of theory and practical. We assure you that after having this course, performing molecular docking and molecular dynamics will be easy for you. We have used open-source software in this course so that you do not need to purchase any expensive software. The tools which are demonstrated in this course are Modeller, I-TASSER, Alpha-Fold (Colab), Auto-dock4, Vina, Patch-Dock, GROMACS, LigPlot, ChemSketch, OpenBabel, Pymol, and a lot more. These tools are freely available and closely related to the course material, and students will need to sign up for some tools to access it.

So what are you waiting for? Click the enroll button and start this amazing journey. We hope that the content of this course will be worth your money. We assure every possible assistance throughout your learning process. We always respond to Questions and Queries which you will forward to us. We believe that we will grow with you.

Your growth is our growth.