Bioinformatics: Learn NGS Data Analysis From Scratch

Tin Sinh học: Học Phân Tích Dữ Liệu NGS Từ Con Số 0

Khóa học Tin Sinh học tốt nhất để học Phân Tích Dữ Liệu Gọi Biến Thể NGS từ đầu (Lý thuyết & Thực hành)

4.5

(245 đánh giá)

838 học viên

Giảng viên

Naeem Mahmood Ashraf

Phụ đề Việt chất lượng cao Phụ đề tiếng Anh Bán chạy Đánh giá cao

50.000đ 399.000đ -87%

✓ Xem giỏ hàng và thanh toán

Bao gồm phụ đề tiếng Việt, tiếng Anh

4.0 giờ video

68 bài giảng

5 bài quiz

Truy cập vĩnh viễn

Học trên mọi thiết bị

Cập nhật: 08/09/2026

#Bioinformatics #Computational Biology #Ngs Data Analysis #Python

Bạn sẽ học được gì

Bạn sẽ nắm được nền tảng của Sinh học Phân tử – từ Kiểu gen đến Kiểu hình

Bạn sẽ cài đặt Linux trên Windows (WSL) và học các lệnh cơ bản trong bash scripting

Bạn sẽ tìm hiểu về các định dạng file FASTQ và FASTA

Bạn sẽ học cách cài đặt các công cụ Gọi Biến Thể trong Linux

Bạn sẽ học quy trình chuẩn GATK để Gọi Biến Thể, bắt đầu từ FASTQ đến VCF

Bạn sẽ hiểu cấu trúc file VCF và cách đọc thông tin trong đó

Bạn sẽ học về Chú thích (Annotation) các Biến Thể trong file VCF bằng Funcotator

Bạn sẽ học cách sắp xếp file VCF đã được chú thích để hỗ trợ ra quyết định lâm sàng

Bạn sẽ biết cách tận dụng các phần mềm mã nguồn mở để phân tích dữ liệu NGS

Yêu cầu

Không yêu cầu kiến thức lập trình trước đó

Kiến thức cơ bản về Sinh học Phân tử là hữu ích nhưng không bắt buộc. Bạn sẽ được học những kiến thức cần thiết trong phần đầu của khóa học

Kiến thức nền tảng về Tin Sinh học cũng hữu ích nhưng không bắt buộc. Bạn sẽ được học hầu hết các phần liên quan đến phân tích dữ liệu NGS trong khóa học

Trong giảng dạy trực tuyến, việc giữ chân học viên luôn là thách thức. Vì vậy, khóa học này được thiết kế dựa trên tâm lý người học. Chúng tôi nhận thấy học viên thường mất hứng thú khi gặp khái niệm phức tạp, do đó chúng tôi đã cố gắng sắp xếp nội dung từ dễ đến khó một cách tự nhiên và dễ hiểu

Đối tượng phù hợp

Người mới bắt đầu trong lĩnh vực Sinh học

Người mới bắt đầu trong lĩnh vực Tin Sinh học

Người mới bắt đầu trong chẩn đoán phân tử

Nhà khoa học dữ liệu quan tâm đến việc hiểu dữ liệu bộ gen (DNA)

Nhà nghiên cứu theo đuổi sự nghiệp trong Sinh học Phân tử, Hóa sinh và Công nghệ Sinh học

Nội dung khóa học

6 phần • 68 bài giảng

1 Hướng dẫn quan trọng

1 DNA là gì?

2 DNA nằm ở đâu?

3 Tại sao DNA lại quan trọng với sự sống?

4 Kiểu gen và Kiểu hình?

5 Gen chứa gì?

6 Sự khác biệt giữa gen của Sinh vật Nhân thực và Sinh vật Nhân sơ

7 Đột biến: Nguyên liệu thô của Tiến hóa

8 Các loại đột biến khác nhau

9 Các loại thay đổi Nhiễm sắc thể lớn khác nhau

10 Sự khác biệt giữa Đột biến Dòng mầm và Đột biến Soma

11 SNPs là gì?

1 Giải trình tự Sanger là gì?

2 Hạn chế của Giải trình tự Sanger

3 Thực hành-2.1: Phân tích chất lượng Giải trình tự Sanger

4 Phương pháp nền tảng của Giải trình tự Thế hệ Mới (NGS)

5 File FASTQ là gì?

6 Hiểu về Điểm Chất lượng

7 Khái niệm về Dữ liệu Giải trình tự Đầu đọc Ghép cặp và Đầu đọc Đơn

8 Quy trình Phân tích Dữ liệu NGS

1 Nền tảng về Phần cứng Máy tính & Hệ điều hành

2 Thực hành 3.1: Cài đặt Hệ điều hành Linux (Phần-1)

3 Thực hành-3.2: Cài đặt Ubuntu trên Windows (WSL)

4 Thực hành-3.3: Một số lệnh cơ bản để điều hướng trong Hệ thống Linux

5 Câu thần chú để cài đặt công cụ trong Linux

6 Thực hành-3.4: Cài đặt FASTQC, BWA & Samtools

7 Thực hành-3.5: Cài đặt Hisat2

8 Thực hành-3.6: Công cụ Trimmomatic (Tải về và Sử dụng)

9 Thực hành-3.7: Tải GATK và Thiết lập Đường dẫn

10 Thực hành-3.8: Kiểm tra Chất lượng File FASTQ bằng FASTQC

11 Hiểu về Đầu ra của Báo cáo FASTQC

12 Thực hành-3.9: Cắt bỏ (Trimming) File FASTQ

13 Nền tảng về Align (Bắt cặp); Khái niệm cơ bản

14 Một số công cụ Align phổ biến hiện có

15 Thực hành-3.10: Tăng Dung lượng Swap trong Ubuntu

16 File SAM & BAM Bạn Sẽ Có Sau Khi Align; Giới thiệu cơ bản

17 Thực hành-3.11: Cách Lấy Bộ gen Tham chiếu Cho HISAT2

18 Thực hành-3.12: Cách Xây dựng Bộ gen Tham chiếu Cho HISAT2

19 Read Group là gì và Tầm quan trọng của nó trong GATK

20 Thực hành-3.13: Cách Lấy Read Group Từ File FASTQ

21 Thực hành-3.14: Align Sử dụng Hisat2 (Phương pháp-1)

22 Tải Bộ gen Tham chiếu Cho BWA và GATK

23 Thực hành-3.15: Tạo File Index cho BWA

24 Thực hành-3.16: Align Sử dụng BWA (Phương pháp-2)

25 Thực hành-3.17: Chuyển đổi file SAM sang file BAM

26 Hiểu về Đánh dấu Bản sao trong File BAM

27 Thực hành-3.18: Đánh dấu Các Bản sao trong File BAM

28 Khái niệm về Hiệu chỉnh lại Chất lượng Đọc Cơ sở (BQSR)

29 Thực hành-3.19: Tạo File Index Cho Pipeline GATK

30 Thực hành-3.20: Áp dụng BQSR (Hiệu chỉnh lại Cơ sở)

31 Hiểu về HaplotypeCaller của GATK

32 Thực hành-3.21: Tạo File VCF Sử dụng Haplotype Caller của GATK

1 Kiểm tra File VCF trong Trình soạn thảo Văn bản và Excel

2 Thực hành-4.1: Lấy rsID của Các Biến Thể

3 Thực hành-4.2: Sắp xếp SNPs và Indel

4 Cấu trúc của File VCF, Siêu dữ liệu và Bảng Bản ghi

5 Tìm hiểu về Kiểu gen

6 Khái niệm về Độ sâu Allele và Độ sâu Tổng số

7 Khái niệm về Chất lượng Kiểu gen và Khả năng xảy ra của Kiểu gen

8 Thực hành-4.3: Sắp xếp các Biến Thể trong Excel

1 Funcotator là gì?

2 Cơ sở dữ liệu mà Funcotator yêu cầu

3 Thực hành -5.1: Thực hiện Chú thích Sử dụng Funcotator

4 Hiểu về Đầu ra của Funcotator

5 Trình diễn File VCF Được Tạo Sử dụng Gnom_AD

6 Thực hành-5.2: Sắp xếp Dễ dàng File VCF Thành File TSV

7 Trình diễn File VCF Được Tạo Sử dụng Somatic DataSources

8 Sắp xếp các Biến Thể cho Ung thư

Giới thiệu khóa học

Become a Bioinformatics Pro with Hands-On NGS Data Analysis Skills!

Next-Generation Sequencing (NGS) is transforming healthcare, research, and biotechnology. With bioinformatics expertise now essential for biologists, clinicians, and researchers, this Udemy course empowers you to analyse human genomic data like a pro using the GATK pipeline (Genome Analysis Toolkit). Master industry-standard workflows to process FASTQ files, call variants, annotate VCFs, and unlock insights for personalised medicine, cancer genomics, and rare disease research.

Why This Course?

Ranked #1 Skill in Genomics: Bioinformatics is critical for interpreting NGS data. Stand out in academia, pharma, or clinical labs.
Zero to Pipeline Mastery: No prior coding experience needed! Learn end-to-end NGS analysis for human genomes (WGS/WES).
GATK-Certified Workflows: Follow best practices endorsed by the Broad Institute for accurate, reproducible results.
Career-Ready Projects: Analyse real datasets, annotate variants with Funcotator, and build a portfolio for job applications.

5 Modules to Master NGS Bioinformatics:
Bioinformatics Basics for Biologists: DNA, RNA, genomic variations, and sequencing fundamentals.
NGS Technologies & Data Generation: Illumina, and data formats (FASTQ, BAM, VCF).
GATK Pipeline: FASTQ → BAM → VCF: Quality control, alignment (BWA), duplicate removal, and variant calling.
VCF File Mastery: Interpret variants, filter low-quality calls, and prioritise clinically relevant mutations.
Funcotator for VCF Annotation: Predict functional impacts (pathogenic vs. benign) and generate clinical reports.

Who Should Enrol?

Biologists & Clinicians: Analyse genomic data without relying on bioinformaticians.
Researchers: Publish robust findings using reproducible NGS workflows.
Students: Boost employability with in-demand bioinformatics skills.
Biotech Professionals: Upskill for roles in precision medicine, oncology, or diagnostics.

What’s Included?
Downloadable Workflows: Automate analysis with ready-to-use scripts.
Practice Datasets: Human genomic data
Certificate of Completion: Showcase your skills on LinkedIn/resumes.
Lifetime Access: Stay updated with NGS advancements.

Disclaimer: Focused on human genomic data (WGS/WES). Microbial workflows differ and are not covered.